Theo đó, hiện nay trên địa bàn TP có 3 chợ đầu mối gồm: Chợ Đầu mối Nông sản Thực phẩm Bình Điền; Chợ Đầu mối Nông sản Thực phẩm Hóc Môn; Chợ Đầu mối Nông sản Thủ Đức. Về khối lượng hàng hóa lưu thông tại 3 chợ đầu mối với tổng lượng hàng nhập chợ đạt 8.923 tấn. Tỷ trọng hàng hóa hóa lương thực, thực phẩm thiết yếu cung ứng cho người tiêu dùng TP các chợ đầu mối (mặt hàng rau - củ - quả, thủy hải sản, thịt gia súc) chiếm 60% - 70% thị phần.

Theo đánh giá của Sở Công thương TPHCM, 3 chợ đầu mối nằm ở khu vực cửa ngõ của TPHCM kết nối đến các vùng sản xuất nông nghiệp lớn của miền Trung và miền Nam đã trở thành các trung tâm tập trung và trung chuyển, điều phối hàng hóa cho TP và cả nước; giúp đảm bảo đầu ra cho các hộ sản xuất, chăn nuôi, khuyến khích người dân tăng cường chăn nuôi, mở rộng quy mô sản xuất. Đồng thời, 3 chợ đầu mối nằm tại cửa ngõ của TPHCM đi cả nước nên thuận lợi phát triển giao thông giữa các tỉnh, nhất là việc trao đổi hàng hóa hai chiều. Cùng với đó, bên cạnh việc cung cấp hàng hóa cho các hệ thống phân phối trên địa bàn TPHCM, chợ đầu mối còn là nơi cung cấp nguyên liệu cho các bếp ăn công nghiệp, nhà máy sản xuất - chế biến thực phẩm và đang dần chuyên môn hóa, khuyến khích thương nhân tăng cường chất lượng hàng hóa để dần phát triển theo hướng xuất khẩu.

Tuy nhiên, sau 15 năm đi vào hoạt động kinh doanh, lượng hàng hóa về 3 chợ đầu mối dần tăng cao để phục vụ nhu cầu của người dân trên địa bàn TP. Dù vào thời điểm xây dựng chợ đã có định hướng phát triển của lượng hàng về chợ, thế nhưng, đến nay, ngoại trừ chợ Bình Điền có diện tích khuôn viên lớn, 2 chợ còn lại là Hóc Môn và Thủ Đức đều đã bố trí hết toàn bộ diện tích kinh doanh trong khu vực chợ nên không còn diện tích trống để làm điểm tập kết hàng vào thời điểm cao điểm vào vụ của các mặt hàng nông sản gây ra tình trạng kẹt xe cục bộ tại khu vực chợ đầu mối.

Mặt khác, việc phát triển của dịch vụ logictics, các xe tải nhỏ được thay thế bởi các xe tải lớn, dẫn đến việc thiếu bãi đậu xe chuyên biệt dành cho xe tải lớn gây ảnh hưởng cho việc lưu đậu, xuất nhập hàng hóa vào chợ. Bên cạnh đó, còn chưa có cơ chế, quy định, chế tài rõ ràng cụ thể để quản lý các tổ chức, cá nhân tham gia hoạt động mua bán tại các chợ đầu mối dẫn đến tình trạng khó khăn trong công tác quản lý truy xuất nguồn gốc, an toàn thực phẩm hàng hóa tại chợ đầu mối nói riêng và thị trường tiêu thụ bán lẻ nói chung. Ngoài ra, tình trạng buôn bán lấn chiếm tại đường dẫn vào cổng chợ kéo dài gây mất an ninh trật tự, ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh của bà con thương nhân tại chợ.

Vì vậy, Sở Công thương TPHCM kiến nghị Bộ Công thương, UBND TPHCM có cơ chế, chính sách để giải quyết triệt để tình trạng kinh doanh các mặt hàng nông sản thực phẩm không có giấy phép, tự phát xung quanh các chợ đầu mối. Đồng thời, có cơ chế, chính sách hỗ trợ, định hướng đối với các cơ sở, hộ nông dân sản xuất các mặt hàng nông sản thực phẩm theo hướng khuyến khích trồng trọt, chăn nuôi theo các tiêu chuẩn an toàn thực phẩm và thực hiện việc sơ chế hàng hóa tại nguồn trước khi đưa hàng hóa cung ứng vào TPHCM.