Theo Tòa án nhân dân TPHCM, khi Công ty cổ phần thương mại và đầu tư Hưng Yên, Công ty cổ phần đầu tư và thương mại An Lộc, Công ty cổ phần chứng khoán Phương Đông, Công ty cổ phần Bảo hiểm Toàn cầu, Công ty cổ phần chứng khoán Saigonbank – Berjaya mở tài khoản thanh toán tiền gửi vào VietinBank và chuyển vào tổng số tiền hơn 1.085 tỷ đồng, Huyền Như đã lợi dụng chức vụ quyền hạn, dùng nhiều thủ đoạn gian dối để chuyển toàn bộ số tiền này ra khỏi hệ thống gửi tiền của VietinBank rồi chiếm đoạt. Hành vi này có dấu hiệu phạm tội "Tham ô tài sản" (tội danh có mức hình phạt cao nhất là tử hình) chứ không phải "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản" (tội danh có mức hình phạt cao nhất là tù chung thân) như cáo trạng của Viện KSND Tối cao truy tố.

Tại phiên xử sơ thẩm vào tháng 1/2014, TAND TPHCM đã tuyên phạt Huỳnh Thị Huyền Như mức án tù chung thân về hai tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản" và "Làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức", Buộc ‘siêu lừa’ phải bồi thường thiệt hại số tiền đã chiếm đoạt.

Sau phiên xử sơ thẩm, Viện KSND Tối cao kháng nghị tăng hình phạt đối với bị cáo Huyền Như. Về phần mình, Huyền Như cũng kháng cáo về phần dân sự, xin lại một trong những căn nhà đang bị kê biên và đề nghị cấp phúc thẩm trả lại villa H2 thuộc dự án Nam Hai Resort (tại Hội An, Quảng Nam) có diện tích gần 3.000 m2, trị giá 43 tỷ đồng cho mẹ bị cáo.

Tháng 1/2015, Tòa án cấp phúc thẩm đã tuyên hủy một phần bản án hình sự sơ thẩm đã xử Huỳnh Thị Huyền Như về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” của 5 công ty nói trên, trả hồ sơ để điều tra, truy tố, xét xử lại. Tuy nhiên, cáo trạng của Viện KSND Tối cao vẫn truy tố Huỳnh Thị Huyền Như về tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản".