Mức thu phí sử dụng đường bộ tại Trạm thu phí qua cầu Phú Mỹ cụ thể như sau: Đối với xe dưới 12 ghế ngồi, xe tải có tải trọng dưới 2 tấn và các loại xe buýt vận tải khách công cộng mức vé lượt là 15.000 đồng; vé tháng là 450.000 đồng và vé quý là 1,2 triệu đồng. Xe từ 12 đến 30 ghế ngồi và xe tải có tải trọng từ 2 tấn đến dưới 4 tấn mức vé lượt là 20.000 đồng; vé tháng là 600.000 đồng và vé quý là 1,6 triệu đồng. Xe từ 31 ghế ngồi trở lên; xe tải có tải trọng từ 4 tấn đến dưới 10 tấn vé lượt là 25.000 đồng; vé tháng là 750.000 đồng và vé quý là 2 triệu đồng.

Xe tải có tải trọng từ 10 tấn đến dưới 18 tấn; xe chở hàng bằng container 20 feet mức vé lượt là 40.000 đồng; vé tháng là 1,2 triệu đồng và vé quý là 3,2 triệu đồng. Xe tải có tải trọng từ 18 tấn trở lên; xe chở hàng bằng container 40 feet mức vé lượt là 80.000 đồng; vé tháng là 2,4 triệu đồng và vé quý là 6,5 triệu đồng.