Đảng bộ Ban Quản lý các Khu chế xuất và Công nghiệp Thành phố được chính thức thành lập vào tháng 8 năm 1997 (theo Quyết định số 381/QĐNS.TU của Ban Thường vụ Thành ủy TPHCM ngày 08/8/1997), là một đảng bộ cơ sở trực thuộc Thành ủy với tên gọi “Đảng bộ cơ sở khu chế xuất và công nghiệp tập trung” với 7 chi bộ trực thuộc và 87 đảng viên. Đến tháng 5/2005, Thành ủy đã ra Quyết định số 1311-QĐ/TU về việc thành lập đảng bộ cấp trên cơ sở với tên gọi “Đảng bộ các khu chế xuất và khu công nghiệp Thành phố” với 14 chi bộ, đảng bộ cơ sở và 387 đảng viên.

Đến tháng 6/2010, toàn Đảng bộ có 27 chi bộ, đảng bộ cơ sở với 738 đảng viên. Có 8/13 khu chế xuất, khu công nghiệp đã có tổ chức đảng. Thành lập 657/883 công đoàn cơ sở tại doanh nghiệp với 142.000 đoàn viên; có 45 cơ sở đoàn thanh niên với khoảng 2.000 đoàn viên trong các doanh nghiệp ngoài quốc doanh. Qua 5 năm phát triển cùng với sự kiện trở thành đảng bộ cấp trên cơ sở đã đánh dấu bước trưởng thành về lực lượng cũng như tổ chức của Đảng bộ các Khu chế xuất và Khu công nghiệp Thành phố.

Suốt chặng đường hơn hai thập kỷ (1997 - 2023), Đảng bộ Ban Quản lý các Khu chế xuất và Công nghiệp TP luôn tập trung thực hiện nhiệm vụ là xây dựng và củng cố tổ chức đảng và đoàn thể chính trị - xã hội đủ mạnh, làm hạt nhân chính trị, xây dựng sự đoàn kết, hài hòa giữa người lao động với người sử dụng lao động để các doanh nghiệp phát triển bền vững, góp phần ổn định kinh tế, an ninh trật tự của Thành phố. Có thể khẳng định, thành tích đạt được trong công tác xây dựng lực lượng chính trị tại các khu chế xuất, khu công nghiệp Thành phố luôn được phát triển cùng với sự trưởng thành của Đảng bộ Ban Quản lý các Khu chế xuất và công nghiệp Thành phố.

Kể từ khi thành lập cho đến nay, Đảng bộ đã đoàn kết từng bước khắc phục khó khăn, nêu cao tinh thần trách nhiệm dám nghĩ, dám làm, mạnh dạn đề xuất những vấn đề mới với Trung ương và Thành ủy để hoàn thành tốt nhiệm vụ chính trị được phân công; hầu hết các đồng chí trong Ban Chấp hành, Ban Thường vụ và Thường trực Đảng ủy, Trưởng, Phó Ban Quản lý đều phát huy tốt tính Đảng, không câu nệ chức vụ, địa vị cao thấp khi tổ chức phân công nhiệm vụ, luôn thể hiện ý thức tổ chức kỷ luật cao, đoàn kết, gắn bó và phối hợp với nhau trong lãnh đạo thực hiện nhiệm vụ chính trị.  

Từ những kết quả đã đạt được cho thấy, Đảng bộ đã khẳng định được vị trí, vai trò lãnh đạo của mình trong việc góp phần cùng Thành phố giữ vững ổn định về kinh tế, chính trị; tạo được niềm tin đối với doanh nghiệp và cán bộ, đảng viên, công chức, viên chức cũng như người lao động trong toàn Đảng bộ, góp phần thực hiện thắng lợi Nghị quyết Đại hội Đảng bộ Thành phố lần thứ XI và Nghị quyết Đại hội Đảng bộ lần IV, nhiệm kỳ 2020 - 2025.

Hiện Đảng bộ Ban Quản lý các Khu chế xuất và công nghiệp Thành phố có tổng số là 15 đơn vị đảng bộ cơ sở. Trong đó có 196 chi bộ trực thuộc (166 chi bộ ngoài nhà nước, 15 chi bộ Nhà nước, 15 chi bộ Xây dựng Lực lượng) với tổng số 2.063 đảng viên.  Tổng số công đoàn cơ sở là 737 đơn vị, với 203.931 đoàn viên công đoàn/tổng số 220.924 công nhân lao động (tỷ lệ tập hợp đạt 92,3%). Tổng số cơ sở đoàn là 16 đơn vị (trong đó: 15 đoàn cơ sở, 01 chi đoàn cơ sở), với 319 chi đoàn và 4.782 đoàn viên.