Theo đó, việc tuyển sinh năm học 2018 – 2019 của trường được thực hiện theo Đề án tuyển sinh với chỉ tiêu tuyển sinh hệ đại học chính quy của tất cả các ngành được phân bố 50% cho TPHCM để đáp ứng nhu cầu nhân lực y tế của TP, 50% còn lại dành cho tất cả các tỉnh, thành ngoài TPHCM.

Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch cũng đã thông báo đến Sở Giáo dục và Đào tạo TPHCM về việc cập nhật Đề án tuyển sinh năm 2018. Cụ thể giữ nguyên mã đã đăng ký ban đầu như trong Đề án tuyển sinh cho thí sinh toàn quốc có hộ khẩu ngoài TPHCM (ví dụ, đối với ngành Y khoa, 50% chỉ tiêu thí sinh toàn quốc sẽ đăng ký xét tuyển với mã cũ là 7720101). Bổ sung mã phụ cho thí sinh có hộ khẩu tại TPHCM muốn đăng ký xét tuyển trong nhóm chỉ tiêu 50% dành riêng cho TPHCM (thêm ký tự "TP", ví dụ: 7720101TP cho ngành Y khoa).

Hình thức tuyển sinh của Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch là xét tuyển dựa vào kết quả kỳ thi tốt nghiệp THPT quốc gia năm 2018. Tổ hợp xét tuyển: B00 (Toán – Hóa – Sinh) chung cho tất cả các ngành.

Tiêu chuẩn phụ là dùng để xét trường hợp đồng điểm, theo thứ tự: Điểm thi tốt nghiệp THPT quốc gia môn Ngoại ngữ theo quy chế kỳ thi tốt nghiệp THPT Quốc gia năm 2018. Điểm Trung bình chung lớp 12 THPT.

Riêng ngành Khúc xạ Nhãn khoa, điểm kỳ thi THPT quốc gia môn Anh văn phải đạt từ điểm 7.0 trở lên thì mới đủ điều kiện đăng ký xét tuyển chính thức (vì phải học các môn chuyên ngành bằng tiếng Anh do giảng viên người Australia trực tiếp giảng dạy).