Để có tiền trả nợ cá nhân, Huỳnh Thị Huyền Như lấy danh nghĩa đi huy động tiền gửi cho ngân hàng VietinBank, đã trực tiếp gặp gỡ, thỏa thuận với các đối tượng môi giới, đại diện của 5 công ty (gồm: Công ty cổ phần thương mại và đầu tư Hưng Yên, Công ty cổ phần đầu tư và thương mại An Lộc, Công ty cổ phần chứng khoán Phương Đông, Công ty cổ phần Bảo hiểm Toàn Cầu, Công ty cổ phần chứng khoán Saigonbank – Berjaya) về việc nhận tiền gửi của các đơn vị này với lãi suất ưu đãi vượt lãi suất trần Nhà nước quy định. Huỳnh Thị Huyền Như cũng hứa hẹn trả cho người môi giới, đại diện của các công ty tiền chênh lệch ngoài hợp đồng, phí môi giới (lãi suất theo quy định do VietinBank trả, còn tiền chênh lệch ngoài hợp đồng, tiền hoa hồng, môi giới do Như trả bằng tiền cá nhân). Khi các đơn vị chuyển tiền vào tài khoản thanh toán của họ mở tại VietinBank, Như đã lập các chứng từ, ký giả chữ ký của chủ tài khoản, sử dụng quyền trên hệ thống (là Kiểm soát viên, Trưởng phòng giao dịch) trực tiếp thao tác chuyển tiền từ các tài khoản của khách hàng đi trả nợ cá nhân cho Như. Với thủ đoạn này, từ tháng 5/2011 đến tháng 9/2011, Như đã chiếm đoạt 1.085,5 tỷ đồng của 5 công ty nêu trên.

Kết thúc phiên xử sơ thẩm vào ngày 9/2/2018, TAND TPHCM tuyên phạt bị cáo Huyền Như mức án tù chung thân về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, tổng hợp với bản án tù chung thân của vụ án giai đoạn 1 thành tù chung thân; bị cáo Võ Anh Tuấn (nguyên cán bộ văn phòng Ngân hàng VietinBank - chi nhánh TPHCM, đồng phạm giúp sức cho Huyền Như) 7 năm tù về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, tổng hợp với bản án 20 năm tù của vụ án giai đoạn 1 thành 27 năm tù. Về trách nhiệm dân sự, hội đồng xét xử tuyên bị cáo Huyền Như bồi thường toàn bộ 885,5 tỷ đồng đã chiếm đoạt của Công ty cổ phần đầu tư và thương mại An Lộc, Công ty cổ phần chứng khoán Phương Đông, Công ty cổ phần Bảo hiểm Toàn cầu, Công ty cổ phần chứng khoán Saigonbank – Berjaya. Riêng số tiền 200 tỷ đồng đã chiếm đoạt của Công ty cổ phần thương mại và đầu tư Hưng Yên, hai bị cáo Huyền Như và Anh Tuấn phải liên đới bồi thường.

Tuy nhiên, năm nguyên đơn trong vụ án không đồng tình với phần tuyên này, kháng cáo yêu cầu VietinBank chứ không phải hai bị cáo có trách nhiệm bồi thường số tiền đã bị Huyền Như chiếm đoạt.

Trước đó, vào tháng 1/2014, TAND TPHCM xét xử hành vi trên của Huỳnh Thị Huyền Như về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”. Tuy nhiên, ngày 7/1/2015, kết thúc phiên xử phúc thẩm vụ án, Tòa Phúc thẩm TAND Tối cao tại TPHCM (nay là TAND Cấp cao tại TPHCM) cho rằng hành vi của bị cáo Huyền Như có dấu hiệu phạm tội “Tham ô tài sản”, và như vậy địa vị pháp lý VietinBank trong trường hợp này là nguyên đơn dân sự. Bản án sơ thẩm quy kết Như phạm tội “Lừa đảo chiếm  đoạt tài sản” đối với 5 đơn vị này, buộc bị cáo Như bồi thường là không đúng bản chất vụ việc, sai về tội danh, dẫn đến xác định sai tư cách tham gia tố tụng của 5 đơn vị, gây ảnh hưởng nghiêm trọng quyền và lợi ích hợp pháp của họ. Từ đó, tòa án cấp phúc thẩm tuyên hủy một phần bản án hình sự sơ thẩm đã xử Huỳnh Thị Huyền Như về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” của 5 công ty nói trên, giao hồ sơ cho Viện KSND Tối cao chuyển Cơ quan Điều tra - Bộ Công an tiếp tục điều tra, truy tố, xét xử lại. Kết thúc quá trình điều tra lại, Cơ quan Điều tra - Bộ Công an vẫn xác định hành vi của Huỳnh Thị Huyền Như và Võ Anh Tuấn là “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”.